Trong tháng 8 năm 1978 Habré đã được bổ nhiệm chức Thủ tướng Chad như là một phần của một liên minh với Tướng Félix Malloum.[9]:27[10]:353 Tuy nhiên, liên minh chia sẻ quyền lực không kéo dài được lâu. Trong tháng 2 năm 1979, lực lượng Habré và quân đội quốc gia theo Malloum giao chiến ở N'Djamena. Cuộc chiến này trên thực tế đã đưa nước Chad vào tình trạng không có một chính phủ quốc gia. Nhiều quốc gia khác đã có nỗ lực giải quyết cuộc khủng hoảng, dẫn đến một chính phủ quốc gia mới trong tháng 11 năm 1979, trong đó Habré được bổ nhiệm làm Bộ trưởng Bộ Quốc phòng.[10]:353 Tuy nhiên, giao tranh đã trở lại trong vòng một vài tuần. Trong tháng 12 năm 1980 Habré bị đẩy vào tình trạng lưu vong ở Sudan.[10]:354 Năm 1982 ông đã tiếp tục chiến đấu chống chính phủ Chad. FAN đã giành được quyền kiểm soát N'Djamena ngày 7 tháng 6 và bổ nhiệm Habré làm nguyên thủ quốc gia.[9]:30, 151